Буквально за один-единственный день мир изменился до основания: белое стало черным. Щ.И.Т., самая секретная в мире организация по борьбе со злом любых масштабов, будь то город или вселенная, сама стала воплощением преступности и страшнейших бед человечества, семьдесят лет неся в себе семена якобы побежденной нацистской организации. ГИДРА вышла из тени в свет, тем самым положив начало Гражданской войне, которая уже обрушила самый амбициозный и смелый проект Щ.И.Т.а.
Еще вчера большинство врагов мы называли друзьями и готовы были доверить им свои жизни в бою. Сегодня же они очерняют светлое имя Щ.И.Т.а, и теперь каждый, как подмененный, выбрасывает вперед руку с гулким "Хайль ГИДРА!", а правительство, вконец запутавшись в понятиях добра и зла, казнит и правых, и виноватых. Где-то в лабиринтах улиц, в подвалах и темных квартирах, под чужими именами и лицами скрываются последние остатки верных истинному Щ.И.Т.у агентов, но и их количество с каждым днем все меньше. Самое страшное — не проиграть войну, которая закончилась больше, чем полстолетия назад, а то, что теперь мы врозь, мы одиночки.
Тем временем Пентагон осознает, что остался беззащитен перед такой мощной угрозой, как силы нацистов, которые пользуются и пользовались лучшими ресурсами мира. Указом Президента создается новая организация, призванная исполнить роль нового Щ.И.Т.а в разваливающемся мире — М.О.Л.О.Т., во главе которого встает ныне более мученик, чем преступник, Йен Куинн, преследующий совершенно иные цели, мало чем схожие с целями государства. Но, пока Вашингтон медлит, разыскивая силы, способные противостоять совершенным бойцам, щупальца ГИДРЫ проникают все ближе и ближе к верхушкам власти. Хотя, и внутри последователей Красного Черепа вот-вот вспыхнет еще одна гражданская война...