● 2013 год, апрель [«Железный человек 3»] - Берн, Швейцария, 1999 год: Молодой Тони Старк на новогодней вечеринке знакомится с девушкой по имени Майя Хансен, которая изобрела «Экстремис» — нестабильную технологию по регенерации тканей. На пути в номер Майи парочка встречает некого Олдрича Киллиана — учёного-инвалида и ярого поклонника деятельности Тони, который приглашает их обоих в свою компанию А.И.M. (Агентство Инновационной Механики). Старк назначает ему встречу на крыше, но не приходит, потому что проводит ночь с Майей. За обман Киллиан, простоявший на крыше всю ночь, проникается ненавистью к миллиардеру.
Наши дни: Тони страдает кошмарами и приступами панических атак в связи с появившимся навязчивым чувством незащищенности после вторжения инопланетян в Нью-Йорке. Из-за этого он создаёт множество новых костюмов, включая модель Mark 42 — автономный бронекостюм, управляемый дистанционно. Поведение Старка вносит напряжённость в его отношения с Пеппер Поттс. Пеппер, как управляющая компанией Старка, неожиданно встречает выздоровевшего Киллиана, который предлагает сотрудничество, но она отказывается, потому что его разработки могут стать оружием. В это время международный террорист, называющий себя Мандарином, устраивает серию взрывов неизвестной природы, направленных против США. В результате одного из них впадает в кому Хэппи Хоган, уже занимающий должность начальника службы безопасности "Старк Индастриз", в тот момент следивший за охранником Олдрича. Это выводит Старка из себя, и он бросает вызов Мандарину по телевидению. Террорист не заставил себя ждать, ответив атакой вооружённых ракетами вертолётов на особняк Тони. Пеппер и пришедшая с предупреждениями незадолго до нападения Майя Хансен спасаются благодаря тому самому Mark 42, в который Тони облачил Пеппер дистанционно. Как только девушки оказались в безопасности, Старк в костюме даёт отпор нападавшим, но падает в море придавленный развалинами особняка. Все считают его погибшим.
Д.Ж.А.Р.В.И.С. удается спасти Старка; он отправляет костюм с бессознательным Тони в маленький городок в штате Теннесси, куда супергерой планировал отправиться перед нападением, чтобы расследовать один из терактов Мандарина.
Друг Тони, полковник Джеймс Роудс, известный ранее как Воитель, ставший правительственным супергероем Железным патриотом, разыскивает Мандарина по поручению президента, но его захватывает Эрик Савин, помощник Олдрича, чтобы заполучить его броню и проникнуть на борт № 1. Старк сбегает из плена с помощью все-таки зарядившегося костюма, и объединяется с Роуди, чтобы помешать Савину похитить президента. Железному человеку удаётся убить Савина, но не предотвратить похищение. Тони и Роуди прибывают на базу злодея, где тот планирует казнить президента в прямом эфире, и заменить его вице-президентом, который сотрудничает с Олдричем ради исцеления дочери.
Старк вызывает все свои костюмы, управляемые дистанционно Д.Ж.А.Р.В.И.С., которые атакуют террористов. Роудс вызволяет президента, а Тони вступает в схватку с Олдричем, использующим свои энергетические способности от "Экстремис". В ходе битвы Пеппер падает прямо в центр взрыва. Железный человек ловит злодея в ловушку внутри своего костюма Mark 42, который взрывает. Несмотря на это Киллиан выживает и объявляет, что является истинным Мандарином, однако в этот момент появляется Пеппер, выжившая благодаря регенерации от "Экстремис", и бросает в злодея бомбу, которая разрывает Киллиана на куски.
После победы Старк уничтожает все свои костюмы, излечивает Пеппер, благодарит Харли, модернизируя его мастерскую в гараже, а также решается на операцию по извлечению шрапнели из груди, вынуждавшую его носить электромагнитный реактор, который позже выкидывает в море, размышляя, что он навсегда останется Железным человеком, несмотря ни на что.

● 2013 год, 24 сентября [«Агенты Щ.И.Т.»] - Агент Фил Коулсон оказывается жив и набирает группу, сталкиваясь с новой угрозой, когда в Нью-Йорке начинают появляться сверхлюди, подопытные проекта «Многоножка». Новоиспечённой команде придётся не только сойтись в оперативной, а также исследовательской работе, но и сойтись характерами, чтобы дать отпор всем врагам организации Щ.И.Т.. В ее состав входят: "Кавалерия" Мелинда Мэй, оперативный агент Грант Уорд, ученые Лео Фитц и Джемма Симмонс. Щ.И.Т. выходит на след эксцентричного борца за свободу информации Скай, которая соглашается вступить в ряды организации и в команду Коулсона.

● 2013 год, октябрь [«Агенты Щ.И.Т.»] - Коулсон и его команда отправляются в Перу, чтобы исследовать некое устройство инопланетного происхождения, имеющее связь с Тессерактом. Между тем, Скай, на самом деле является также агентом «Rising Tide».
Щ.И.Т. отправляется на поиски одного из своих активов, доктора Франклина Холла, который был похищен его бывшим партнёром по исследованиям Иеном Куинном. Он хочет использовать Холла, чтобы взять под контроль гравитацию планеты. Скай предстоит проникнуть прямиком в особняк Куинна, чтобы команда Коулсона могла спасти Холла.
Команда расследует профессиональную кражу бриллиантов и находит вора: им оказывается Акелла Амадор, бывший агент Щ.И.Т.. Вскоре выясняется, что Акелла на самом деле лишь «оружие» в руках некой преступной организации, в том числе промышляющей похищением важной информации.
Работница проекта «Сороконожка» Рейна выслеживает сверхчеловека, способного создавать огонь, и предлагает ему расширить свою силу и стать новым супергероем, Ожогом. Щ.И.Т. начинает разыскивать мутанта, также пытаясь ближе подобраться к проекту, создающему «супергероев». Тем временем выясняются реальные мотивы присутствия Скай в организации и группе Коулсона: сбор любой информации по некогда пропавшим родителям хакерши.

● 2013 год, начало ноября [«Агенты Щ.И.Т.»] - После битвы за Нью-Йорк на Земле остался шлем побеждённой супергероями расы читаури. Именно его и находят пожарные, которым от него передаётся вирус, уничтожающий людей изнутри. В ходе расследования происшествий, связанных со шлемом, носителем вируса становится агент Симмонс из команды Коулсона. Теперь ей предстоит быстро найти лекарство.
Команда отправляется в один из штабов Щ.И.Т., где Уорд и Фитц получают новое задание восьмого уровня, к которому из-за секретности не допускают Скай. Заручившись помощью Симмонс, девушка пытается выяснить все секреты миссии, попутно разыскивая информацию по своим родителям.

● 2013 год, середина ноября [«Тор 2: Царство тьмы»] - Тор занят восстановлением порядка в Девяти мирах. Локи закован в кандалы и заточён в тюрьму Асгарда. Тем временем на Земле, в Лондоне, Джейн Фостер находит необъяснимую аномалию, заставляющую вещи то пропадать в пространстве, то появляться вновь в другом месте, и сопровождающуюся нарушением гравитации, из-за чего некоторые машины парят в невесомости. Пройдя сквозь одну из аномалий, Джейн оказывается рядом с Эфиром, который тут же проникает в ее тело.
Тор, каждый вечер наблюдающий за Джейн с восстановленного Радужного моста, узнаёт, что Хранитель врат потерял ее из поля зрения, и отправляется на поиски. Между тем Джейн приходит в себя на фабрике, где и были замечены аномалии. Когда один из служителей закона хочет взять Джейн за руку, его отбрасывает мощный импульс. Появившийся в это время Тор догадывается, что источник силы носит внеземной характер, и забирает Джейн с собой в Асгард. Один опознаёт силу, заточённую в Джейн, как Эфир и предрекает ей скорую смерть. Он хочет, чтобы Тор вернул Джейн на Землю, но Фригга берёт её под свою опеку.
Пробуждённые силой Эфира, Малекит и его войско нападают на Асгард. Обнаружив источник Эфира в Джейн, они хотят забрать девушку, но Фригга прячет ее, в результате чего погибает сама. Атака отбита, но Один безутешен; после похорон Фригги он хочет победить Малекита в бою. Тор понимает, что сражение потребует больших жертв, и просит отца разрешить ему переместиться вместе с Джейн в Тёмный мир и там добыть Эфир из её тела, но получает отказ. Это заставляет его обратиться за помощью к Локи, знающему тайные тропы в другие миры. Локи соглашается помочь, потому что хочет отомстить за мать. Он бежит с Тором и Джейн из Асгарда, и спасает обоих после того, как Малекит извлекает Эфир из Джейн. Тор оставляет мёртвое тело брата, пожертвовавшего собой ради его спасения, и отправляется с Джейн на Землю, где Дарси с помощью своего стажера Йэна только что вызволила доктора Селвига из психбольницы, в которую его отправили после неудавшейся попытки предупредить людей о сближении девяти миров.
Джейн, Тор и доктор Селвиг придумывают план противостояния Малекиту, используя пространственные аномалии на Земле. Малекит рассчитывает использовать схождение миров, чтобы направить энергию Эфира через них и возродить во Вселенной мир Тёмных эльфов. С помощью Джейн и Селвига Тору удаётся подобраться к Малекиту настолько близко, чтобы сбить его своим молотом. Сквозь аномалию тёмные эльфы и их корабль уходят обратно в свой разрушенный мир.
Джейн остаётся на Земле, а Тор возвращается в Асгард, к отцу. Он просит Одина освободить его от обязанности царствовать в Девяти мирах и рассказывает ему о жертве Локи. Один отпускает Тора, после чего оказывается, что это - живой Локи, прячущийся под иллюзией Одина. Тор возвращается на Землю.
Вольштагг и Сиф передают Коллекционеру на хранение Эфир, поскольку опасаются хранить его в Асгарде одновременно с Тессарактом. После их ухода Коллекционер произносит фразу: «Один есть, пять осталось» (имеются в виду Камни Бесконечности).

● 2013 год, конец ноября [«Агенты Щ.И.Т.»] - Команда Коулсона наводит порядок после разборок в Лондоне, а также оказывается втянута в расследование поисков асгардского Скипетра Берсерков, оставленного на Земле.
Щ.И.Т. выслеживает Ханну Хатчинс, женщину, которая обвиняется в провоцировании нескольких взрывов в результате несдержанной силы телекинеза, которой якобы владеет. По ходу расследования выясняется, что Ханна не имеет никаких суперспособностей, а взрывы были осуществлены в результате открытой «двери» из «ада» в мир людей, и через эти двери в наш мир проник некий «человек-призрак». Коулсону со своей группой приходится разобраться в паранормальных вещах, происходящих вокруг Ханны.

● 2013 год, декабрь [«Агенты Щ.И.Т.»] - Щ.И.Т. вновь сталкивается с проектом «Многоножка», когда Рейна вместе с недавно освобождённым из тюрьмы подельником отправляется к таинственному Провидцу, который может дать «ключ» к продолжению их экспериментов по созданию новых суперсолдат. Тем временем Коулсон выходит на Майка Петерсона, который был одним из первых подопытных, но Рейна, похитив его сына, вынуждает Майка сдать Коулсона «Многоножке». Когда агент оказывается схвачен, «девушка в цветочном платье» раскрывает Коулсону цель его похищения: узнать, каким образом он когда-то остался жив, хоть должен был умереть.

● 2014 год, январь [«Агенты Щ.И.Т.»] - Рейна пытается выяснить, как Коулсон смог вернуться к жизни после своей смерти, и добивается успеха в этом. Тем временем, Щ.И.Т. готовит спасательную операцию, в ходе которой похищенного агента освобождают, а Рейну берут под стражу. Коулсон, к которому вернулись воспоминания о дне его смерти, осознаёт, что его «воскресили» с помощью неизвестных технологий, и затем пытается узнать больше у одного из участников той самой процедуры.
Фитц и Симмонс вместе с Уордом и Скай отправляются в Академию Щ.И.Т., где готовят будущих учёных и оперативников организации, чтобы разобраться в таинственных происшествиях, связанных с «замораживанием» некоторых студентов. Тем временем Коулсон и Мей находят человека, который знает, кем на самом деле является Скай, и раскрывает Щ.И.Т. некоторые моменты детства хакерши.

● 2014 год, февраль [«Агенты Щ.И.Т.»] - Команда Коулсона выслеживает перевозку неопознанного секретного устройства (код 0-8-4) с целью доставить его бизнесмену, а также одному из людей Провидца Йену Куинну и отправляется по следам этого маршрута. В ходе операции Скай, которая на самом деле также является «0-8-4», оказывается раненой Куинном и чуть не умирает от потери крови. Умирающую Скай доставляют в больницу, но повреждения слишком серьёзные. Скай фактически существует за счёт медоборудования и в любой момент может скончаться. Фил Коулсон и команда решаются на отчаянный шаг — найти объект Т.А.И.Т.И., где Коулсона вернули к жизни, и повторить это со Скай. К ним присоединяется учитель Уорда и его новый ученик, агент Триплетт, которым поручено допросить Йена Куинна. В конце концов Коулсон выясняет, откуда берётся таинственный препарат, возвращающий жизнь.

● 2014 год, март [«Агенты Щ.И.Т.»] - На Землю прибывает асгардийка Лорелей. Команда Коулсона имеет дело с Сиф, воительницей, соратницей Тора. Сиф прибыла на Землю из Асгарда, чтобы поймать сбежавшую из заключения Лорелей. Сложность заключается в том, что ни один мужчина не сможет противиться её чарующему голосу. Отношения между Мэй и Уордом уже не будут казаться такими непринуждёнными.

● 2014 год, апрель [«Первый мститель: Другая война», «Агенты Щ.И.Т.»] - Провидца выслеживают и убивают, но возникают сомнения: действительно ли это был Провидец или только подставное лицо? Возникает подозрение, что Мэй работает на Провидца. Тем временем управление самолётом перехватывается извне.
Стив Роджерс вместе с Черной Вдовой и командой УДАР проводят операцию по освобождению корабля Щ.И.Т., который захватили пираты. После успешного выполнения задания Капитан видит, что у Вдовы было другое задание — поиск секретных данных, которое ей поручил директор Щ.И.Т. Ник Фьюри. На встрече с директором Фьюри показывает Капитану секретный проект «Озарение» — три хэлликэрриера с серьёзным вооружением, способным поражать тысячи целей в минуту, уничтожая угрозы до того, как те станут опасными. Стив выражает свое неодобрение подобному проекту.
Пытаясь рассекретить секретные данные с флешки, Ник Фьюри отправляется на встречу с Марией Хилл. В это время на него совершается покушение. Благодаря бронированному автомобилю с искусственным интеллектом, директору удается нейтрализовать убийц и уйти от погони. Однако ещё один наёмник в чёрном взрывает машину. Фьюри уходит через канализацию и отправляется на квартиру Роджерса. Там он сообщает Капитану, что в Щ.И.Т. предатели, после чего в него стреляют. Он успевает отдать Стиву флешку и предупреждает, что верить никому нельзя.
Прежде чем отправиться на встречу с руководством, Стив прячет флешку в продуктовом автомате в больнице. Один из руководителей Щ.И.Т. Александр Пирс расспрашивает Капитана о причинах, по которым Фьюри пришел к нему, и о местонахождении секретных данных. Капитан отказывается отвечать на вопросы. В лифте на него нападают члены команды УДАР. Роджерс с боем выбирается из здания Щ.И.Т..
В обмен на сотрудничество Вдова рассказывает об убийце Фьюри — наёмнике-призраке, которого называют Зимний Солдат и который совершил множество убийств за последние 50 лет. Капитан решает ей довериться, вместе они отправляются на поиски дальнейшей информации.
Поиски приводят их в Нью-Джерси, в заброшенный лагерь Лихай, где Стив проходил военную подготовку в 40-х годах. В одном из заброшенных складов они заходят в комнату со множеством оборудования и старым компьютером. С помощью флешки компьютер начинает работать. Выясняется, что это ученый-нацист, один из ближайших соратников Красного Черепа, Арним Зола, которого во время войны захватил Щ.И.Т. и заставил работать на себя, а затем переместил его сознание в компьютер. Зола раскрывает агентам страшную правду — организация ГИДРА, с которой Роджерс боролся во время войны, не исчезла, а её агенты внедрились во множество крупных мировых организаций и правительство, даже в самом Щ.И.Т. многие агенты — перебежчики, включая Александра Пирса. Именно ГИДРА подстроила гибель Говарда Старка и постепенно захватывала власть на планете. Зола сообщает о своём гениальном алгоритме, благодаря которому наступит финальная стадия. Не узнав подробностей об этом алгоритме, Капитан и Вдова чудом спасаются от ракеты, которую Щ.И.Т. запустил в здание.
Заручившись поддержкой Сэма Уилсона, известного также под кодовым именем Сокол, Капитан узнает об алгоритме от одного из агентов ГИДРА — Джаспера Ситуэлла. Алгоритм способен, используя различные современные ресурсы, вычислять потенциальные угрозы для ГИДРА, а хэликэрриеры будут их уничтожать. Стив и команда отправляются в Щ.И.Т., чтобы саботировать проект, но на них нападают агенты ГИДРА, которых возглавляет Зимний Солдат. Во время схватки один на один Стив срывает маску с лица Солдата. Им оказывается лучший друг Стива, которого он считал погибшим — Баки Барнс. Тот не узнаёт ни своего лучшего друга, ни своего имени. Он сбегает, а Стива, Наташу и Сэма захватывают агенты ГИДРА. Во время поездки в фургоне Мария Хилл, замаскированная под одного из охранников, освобождает команду, после чего они отправляются на заброшенную дамбу, где скрывается раненый, но живой Ник Фьюри.
Он предлагает план, как остановить проект "Озарение" — поскольку все три авианосца синхронизируются со спутниками, если на каждом из них подменить управляющие микросхемы, то массового убийства можно будет избежать. Капитан похищает свой старый военный костюм из Института, Сэм надевает механические крылья, и вместе с Марией Хилл они отправляются на авианосцы. Пирс готовится убить всех членов Совета безопасности, одна из них разоружает охранников. Она оказывается Чёрной Вдовой и начинает взламывать систему ГИДРА, чтобы раскрыть их планы, выложив информацию в интернет. Перед последним действием нужно просканировать сетчатки глаз двух директоров Щ.И.Т.. Прибывает выживший Ник Фьюри и использует свой второй поврежденный глаз для получения допуска. Однако Пирс убивает всех членов Совета с помощью бейджей и готовится убить Наташу, но она оглушает себя своим электрошокером, разрушая свой бейдж, а Фьюри убивает Пирса.
Капитану удается победить Зимнего Солдата, но он получает несколько ранений. В последний момент Стив подсоединяет чип, Мария Хилл нацеливает орудия авианосцев друг на друга. Они начинают атаковать сами себя и разрушаться в воздухе, Роджерс помогает Солдату выбраться из-за под завалов.
ГИДРА активизируется и захватывает Щ.И.Т.. Виктория Хэнд подозревает Коулсона в участии в организации ГИДРА. Коулсон раскрывает личность Провидца: им оказывается агент Щ.И.Т. Джон Гаррет. Виктория сняла обвинение. Провидца хватают и хотят убить, но Уорд переходит на сторону Гаррета и убивает Викторию Хэнд.
Мария Хилл устраивается на работу в "Стакр Индастриз", агентов ГИДРА арестовывают, лидера группы УДАР Брока Варслоу доставляют в больницу с тяжелыми ранениями, Наташа выступает в суде, рассказывая о том, что Щ.И.Т нужен миру, а Ник Фьюри уходит в тень. ГИДРА продолжает активные действия в захвате Щ.И.Т.. Рейну освобождают, и она узнаёт правду о Провидце, который просит её продолжить проект «Многоножка». Уорд предоставляет ей все наработки Симмонс в этом направлений, а сам вместе с Гарретом отправляется на штурм Холодильника. Рейна сообщает Гаррету, что винчестер с нужными ей данными защищён. И защищён именно Скай. Теперь Уорд вынужден решить эту проблему.
Коулсон и его команда вынуждены искать убежища. Их дела обстоят хуже некуда: самолёт в плохом состоянии, лететь некуда, верить никому нельзя и сами они уже словно призраки. Но тут обнаруживается один интересный факт… Есть спрятанное убежище, которое до сих пор принадлежит Щ.И.Т.. Также Коулсон узнаёт, что Ник Фьюри жив, но о его местоположении никто не знает.
Уорду нужен ключ от винчестера с исследованиями Симмонс, зашифрованного Скай. Для этого он добирается до секретной базы директора Фьюри, где находится команда. Все проходят проверку на детекторе лжи, где Уорд чуть не попадается. В это же время Коулсон и часть команды собирается разыскать преступника из Холодильника, обладающего некой силой «чёрной материи» и охотящегося за виолончелисткой. Мэй решает покинуть команду и уходит в свободный путь. В итоге Скай узнаёт, что Уорд — из организации ГИДРА, но садится с ним на самолёт Колсона, не подавая вида.
Скай якобы пытается расшифровать данные, она выдаёт Уорда полицейским и пытается сбежать. Уорд расправляется с полицейскими, а Майк хватает Скай и вынуждает её расшифровать данные. Коулсон помогает Скай сбежать. Мэй приносит Коулсону информацию о проекте Т.А.И.Т.И..

● 2014 год, май [«Агенты Щ.И.Т.»] - Агенту Колсону нужны хоть какие-то сведения о Гаррете и ГИДРА, поэтому он вместе со своей командой проникает в здание «Кибертек». Скай пытается найти компьютер, чтобы загрузить вирус и скачать нужные сведения, но оказывается, что все данные компании хранятся в бумажном виде. Коулсон и Мэй сбегают вместе с нужными бумагами и, прочтя их, узнают, что Гаррет является первым объектом «Детлок». Между действиями нам показываются эпизоды из прошлого Уорда и становится понятно, почему он всем обязан Гаррету. Команда Коулсона находит свой самолёт на Кубе и отправляется туда. По прибытию они разделяются на две группы, первая ищет старую базу Щ.И.Т., а Фитц и Симмонс ищут самолёт. Фитца вместе с Симмонс захватывает Уорд и доставляется к Гаррету. Вместе с Симмонс они сбегают и прячутся в одном из модулей самолёта, но Гаррет просит Уорда убить их, и Уорд выполняет просьбу, сбрасывая бокс с учеными в открытый океан. В это время Рейна вводит Гаррету GH-325.
Гаррет убивает одного из генералов США, пришедших на переговоры с ГИДРА, и захватывает остальных. Коулсону с его людьми удаётся захватить центр соединения солдат-«многоножек». Фитц и Симмонс удаётся всплыть на поверхность, где их неожиданно спасает Ник Фьюри, нашедший их по сигналу маячка. Мэй и Уорд вступают в схватку, и Мэй побеждает. Майкл узнаёт, что его сын свободен, и прибивает Гаррета. Гаррет смог это пережить и усилил себя кибер-имплантатами, и тут Коулсон убивает его окончательно. Фьюри передаёт Коулсону пост директора Щ.И.Т.. Рейна сообщает отцу Скай, что нашла её.